El momento en que Juan O’Gorman se enfocó a la arquitectura orgánica es una corta etapa a la que se ha prestado menor atención,  pese a ser el momento que él reconoció como aquel en el que había logrado dar vida de manera integral a sus teorías. 

Con la casa que diseñó y construyó en San Jerónimo número 162 en la Ciudad de México a principios de la década de 1950, un proyecto en el que conjuntó arquitectura, pintura, escultura y naturaleza, logró «una expresión innovadora en el terreno de la integración plástica», cuyo principal objetivo fue el de «hacer una arquitectura integrada a las rocas de la lava del Pedregal en el fondo de este terreno», en la que se conservaran los árboles y plantas de la zona.  

Las modificaciones hechas en 1969 tras la venta de la propiedad a la artista plástica Helen Escobedo, significan la pérdida de un hito en el quehacer artístico de O’Gorman y en la historia de la arquitectura moderna del siglo XX de nuestro país, pues con su destrucción se pierde la evidencia física para estudiar en tres dimensiones lo que él consideraba «una de sus más importantes aportaciones arquitectónicas»; era el testigo de la reflexión de su ruptura con el funcionalismo y su propuesta de una idea más emparentada con la naturaleza, fundida con el arte y la técnica, lo cual le daba un peso importante a nivel internacional por su valor artístico e histórico.  

Se conservan fotografías de Juan Guzmán y de Lola Álvarez Bravo, y planos de la casa que han ayudado a reconstruir los planteamientos de O’Gorman; estos sumados al texto de la revista Arquitectura/México, han dado lugar a posicionar la casa de San Jerónimo como un proyecto de arquitectura orgánica, según las tesis del arquitecto estadounidense Frank Lloyd Wright. 

Dichas tesis están encaminadas, principalmente, a la unión del interior con el exterior, al rescate de las características regionales y la incorporación de la arquitectura, el hombre y la naturaleza. Mismos preceptos quedaron también registrados por O’Gorman en su texto «Un ensayo de arquitectura orgánica», de 1976. 

Además del testimonio del mismo O’Gorman, algunas otras personas, como la investigadora Louise Noelle, han relacionado la arquitectura orgánica con la casa de San Jerónimo del arquitecto mexicano, dejando entrever una clara influencia del arquitecto estadounidense en el mexicano citando ideas claves en común sobre una integración naturaleza-arquitectura-hombre, además de señalar la importancia de la comprensión de Wright para poder entender a O’Gorman.