Nacido en el barrio de Coyoacán en la Ciudad de México, pasaría gran parte de su infancia en Guanajuato. A principios de los veinte, inició su formación en la Escuela Nacional de Arquitectura de la UNAM. Durante su carrera profesional colaboró con los arquitectos Carlos Tarditi y Carlos Obregón; entre sus obras destacadas se encuentra la proyección del Banco de México y la casa de sus amigos Diego y Frida (hoy Museo Casa Estudio Diego Rivera y Frida Kahlo).
Su primera obra arquitectónica sucedió a los 25 años en una casa funcionalista construida en Palmas frente a un antiguo hotel San Ángel Inn. Aunque trabajó un tiempo en su propio despacho de arquitectura, prefirió dejar atrás su etapa de contratista para dedicarse a la plástica.
Con gran afinidad por la pintura de caballete y el muralismo, Juan O’Gorman realiza varias obras emblemáticas como el Mural Retablo de la Independencia en el Castillo de Chapultepec y una de las obras pictóricas más representativas de México en la Biblioteca Central de la Ciudad Universitaria además de colaborar en el plan arquitectónico con Gustavo Saavedra y Juan Martínez.
Sus restos reposan en la Rotonda de las Personas Ilustres, tenía 76 años cuando se suicidó en 1982.